הועד המנהל של האגודה מורכב מנציגיות חוגים, אשר נבחריםות מתוך האסיפה הכללית של האגודה בבחירות דמוקרטיות. הועד המנהל הוא היישות המבקרת והמפקחת על פעילויות האגודה והחלטות ההנהלה. 

תפקידיו העיקריים של הועד:

1. אישור תקציב האגודה לשנה הנוכחית.

2. מינוי וקיום ועדת ביקורת, ועדת מכרזים לבעלי/ות תפקידים וועדת בחירות.

3. פיקוח על פעילות תקינה האגודה לפי תקנון האגודה ועל פי הנחיות רשם העמותות.

4. פיקוח על תכניות עבודה ומימוש תקציב בצורה תקינה בעמותה.

5. אישור ומינוי בעלי/ות תפקידים  באגודה.

6. סיכום שנה בעמותה ובקרה תקציבית שנתית מול רשם עמותות ורואת חשבון העמותה.

7. אישור מבנה האגודה וחוברת  מכרזי האגודה.